诸氏鲻虾虎鱼(goby)项目 · 核型计数 · 机器标注
从全部 311 张照片里人眼筛出 36 张独立的中期分裂相,用一套固定规则跑完:能确定的逐条红色编号,重叠密团整片橙框标"不可靠分"、绝不逐条猜。图就在下面,先看图。
v2 把粘连的染色体拆开逐条编号了,每张中位标出 37 条(v1 只有 6.5);但逐张可靠性仍差——范围从 1 条到 254 条。
你反馈"根本没标注出来"是对的:v1 只标孤立单条,把大片粘连区整片划成"不可靠",看起来几乎没标。v2 加了分水岭拆分、形状过滤和对比度过滤,标注密度大幅提高。但代价是盲控退步了——同一分裂相的两个裁切,v1 给出 11 vs 11,v2 给出 38 vs 42。拆得多了,也更不稳了。细节见下方 §02–§05。
点图放大。红色引线编号 = 确定单条;橙色区域 = 重叠密团,标注为"重叠·不可靠分"。
v2 每张标出中位 37 条,其中 27/36 张落在 25–55 这个量级合理的区间。但另外 9 张明显失控:K25 标出 243 条、K32 标出 254 条(过度拆分),K10 / K11 / K17 / K24 只标出 1–2 条(几乎没识别出来)。这些如实保留在 §05 表里,标红没删。盲控见 §04——v2 的一致性比 v1 差。
规则是事先定好、跑完全部 36 张的。前两版崩了,崩的方式本身说明了问题——所以保留在这里,而不是只展示能用的那版。
把面积 ≤1.8× 单条中位面积的连通域判为单条,更大的判为密团。
怎么崩的:当整片挤成一个大团时,"面积中位数"落到了碎屑上,尺度基准整个失效——K25 估出 6057–9101 条,K32 估出 5713–8589 条,K10/K24 直接分析失败。
改用与尺度无关的判据:单条染色体的骨架应是一条无分叉的弧,密团的骨架有分叉。
怎么崩的:忘了中期染色体本来就有两条姐妹染色单体——单条自己就是 V 形或 X 形,骨架天然分叉。结果 36 张里 32 张判出"确定 0 条",判据从根上不适用于这个对象。
用全图骨架上距离变换的 25% 分位估染色体宽度(低分位不会被密团内部的粗大 DT 抬高),先按宽度剔除杂点,再在剩下的连通域里估单条面积。顺序很关键:先估尺度会被碎屑带偏。
仍然不完美:K25 / K32 依旧给出荒谬值,5 张无法估算。更要命的是它只标孤立单条,把整片粘连区划成"不可靠",看上去几乎没标出东西——这版被判定不可用。
三处改动:①粘连成串的染色体用距离变换分水岭拆开,逐条给号(蓝色 = 拆分出来的,与红色孤立单条区分);②按细长度(骨架长/宽 ≥ 2)过滤,圆形物体不给编号;③按对比度过滤,v1 曾把一团模糊杂影标成 1 号。
还没解决的:与染色体粘连的间期细胞核仍可能被误标(如 K22 的 #21、#26)。试过按厚度/实心度去核——但一团重叠的染色体和细胞核一样又厚又实,判据不是漏掉核就是把真染色体整块删掉(K06 曾被误删 9 处)。最后选择保留可见的误标,而不是接受静默的数据丢失:误标你能看见、能划掉;删掉的你永远不知道少了什么。
图集里藏了两对同一个分裂相的不同裁切,编号打散、互不相邻。同一分裂相若标出不同结果,就说明这套方法不可靠。
v1: 11 vs 11(完全一致) → v2: 38 vs 42(差 4 条)
v1: 16 vs 17 → v2: 36 vs 37(差 1 条)
"确定单条"=四周与其他染色质分离、可逐条编号的;"不确定区"=重叠密团,只整片框出、不逐条猜。合计区间 = 确定数 + 密团按面积估算的范围。
| 编号 | v2 标出 | v2 孤立/拆分 | v1 只标 | v1 合计区间 | 备注 |
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